石墨換熱器是提供一種大于污垢黏附力的力而去除附著在表面的污垢，這種清洗方法可以除去化學方法不能除去的碳化污垢和硬質垢。石墨換熱器的方法可分為以下兩類：
　?。?）強力清洗。強力清洗法是利用噴射設備將介質以很高的沖擊力噴入石墨換熱器的管側和殼側，起到除垢的目的。常見的強力清洗法有噴丸清洗，高壓水射流清洗，噴氣清洗，噴砂清洗，強力清管器等。其中的高壓水射流清洗多用于炭化垢或硬垢，而對于僅僅依靠沖擊力是不能去除而須依靠熱量才能使其松動的污垢，則使用蒸汽噴射清洗。
　　（2）軟機械清洗。這種清洗方法依靠插入物在管內的運動，與石墨換熱器內表面接觸，達到去除污垢的效果。
　　這種軟機械清洗也稱在線機械清洗。常見的方法有旋轉螺旋線法，液固流態化法，旋轉紐帶法，螺旋彈簧振動法，海綿膠球在線清洗法等。插入物的型式多種多樣，其中的海綿膠球法是將直徑比管子內徑稍大的海綿球擠入管內以起到除垢的目的，還可以使用鋼絲刷來清洗較低硬度的污垢。
　?。?）化學清洗
　　化學清洗是通過化學清洗液的使用，產生某種化學反應，使石墨換熱器傳熱管表面的水垢和其他沉積物溶解，脫落或剝離。
　　此方法清洗時間短，操作簡單，除垢干凈，是目前使用廣泛，有效的清洗方法之一。化學清洗可以在現場完成，勞動強度比機械清洗低而且清洗更完全，可以清洗機械清洗所不能到達的地方，并可避免機械清洗對換熱面造成一定的機械損傷；而且化學清洗可以不用拆開設備，對于不能拆開的石墨換熱器具有機械清洗所不能比擬的優點。
　　在清洗之前，應了解清洗的石墨換熱器的結構，材質，污垢的分布和厚度以及其組成，從而合理地選擇清洗主劑，緩蝕劑，和助劑，并且選擇合適的清洗劑用量，濃度，速度，溫度和時間，應做好清洗廢液的處理排放工作，避免對環境造成影響。